Variante de Omicron: se necesita más secuenciación del gen Covid-19 para adelantarse a las mutaciones

La variante omicron del coronavirus ya ha aparecido en más de 20 paises y eso fue en los Estados Unidos a fines de noviembre, dijeron funcionarios de salud el 1 de diciembre. viajero que regresó a california Sudáfrica se infectó con la variante, también conocida por los científicos como B.1.1.529.

«El individuo ha sido completamente vacunado y exhibió síntomas leves, que están mejorando en esta etapa», dijo Anthony Fauci, director del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas, el miércoles en una conferencia de prensa en la Casa Blanca. “Este es, por tanto, el primer caso confirmado de Covid-19 causado por la variante omicron detectada en los Estados Unidos. «

Omicron puede ser más transmisible que otras versiones del virus, y su llegada agrega una enorme urgencia a los esfuerzos de secuenciación del genoma. Al examinar los genes que codifican el virus, los científicos pueden distinguir entre diferentes cepas de SARS-CoV-2, el coronavirus que causa el Covid-19. A menudo pueden rastrear de dónde vino y anticipar algunos de los rasgos que lo distinguen, como la facilidad con que se propaga o la facilidad con la que puede escapar de nuestro sistema inmunológico.

Estados Unidos ha mejorado drásticamente en este tipo de trabajo detectivesco, dijo Kristian andersen, profesor de inmunología y microbiología en el Instituto de Investigación Scripps en California, en un correo electrónico. Pero el país todavía depende de un mosaico ad hoc de laboratorios, lo que dificulta a los científicos secuenciar rápidamente los genomas e informar los resultados para que todos los vean. «Mucho de esto todavía está siendo pirateado, incluidas nuestras propias operaciones aquí en San Diego», dijo Andersen.

Y todavía hay lugares en el mundo donde prácticamente no se produce una secuenciación genética del SARS-CoV-2. Otras variantes más peligrosas del virus pueden esconderse en estos espacios vacíos. Es por eso que los científicos dicen que la investigación para la próxima variante no debería limitarse a los países con más recursos y laboratorios, como Estados Unidos. Muchos instan a los países más ricos no solo a distribuir vacunas y tratamientos Covid-19, sino también a intensificar la secuenciación viral en todo el mundo.

La monitorización del genoma es la razón por la que conocemos la variante omicron

Los orígenes del omicron aún no están claros y no sabemos cómo llegó a diferentes países. Pero la variante mostró la rapidez con la que un virus puede propagarse sin ser detectado.

Africa del Sur y Botswana anunció a finales de noviembre que había detectado la nueva variante, pero probablemente ya llevaba semanas circulando en estos países en función del número de casos detectados. Funcionarios de salud en Bélgica, Alemania y Holanda Posteriormente se informó que las muestras mostraban que la variante omicron podría haber estado ya en Europa cuando Sudáfrica y Botswana dieron la alarma.

No es una coincidencia que Sudáfrica fuera de los primeros en encontrarlo. «La variante es mucho más común en Sudáfrica que en Europa; cuanto mayor es la prevalencia, más probabilidades hay de que se detecte», dijo Andersen. «Habiendo dicho eso, Sudáfrica tiene una excelente vigilancia que es mejor que la mayoría de los demás países».

La vigilancia genética también podría explicar por qué omicron se encontró por primera vez en California, al menos según el gobernador de California, Gavin Newsom. «No es sorprendente en muchos sentidos que California esté anunciando el primer caso», dijo Newsom en una conferencia de prensa el miércoles. El estado es un centro para la biotecnología y la Universidad de California en San Francisco tiene «una de las instituciones líderes en secuenciación del genoma del mundo», agregó.

Detectar nuevas variantes a medida que comienzan a extenderse es un gran desafío científico y logístico. Los científicos y los funcionarios de salud a menudo tienen que secuenciar todos los genes, el genoma, que codifican el coronavirus en una muestra, un proceso mucho más costoso y complicado que simplemente probar si las personas están infectadas. El genoma del SARS-CoV-2 tiene una longitud de aproximadamente 30.000 pares de bases y codifica 29 proteínas.

Luego, los investigadores buscan mutaciones reveladoras que revelen la presencia de una variante. (Algunas pruebas de PCR convencionales de Covid-19 también se pueden modificar para clasificar entre diferentes variantes, pero esto requiere un sistema de detección más sofisticado).

La información genética ya está ayudando a los fabricantes de vacunas Covid-19 a estudiar cómo adaptar sus vacunas a omicron, aunque las empresas dicen que sus formulaciones de vacunas actuales todavía parecen ser efectivas. Pero el anuncio de las variantes también llevó a restricciones de viajero Los países africanos, lo que preocupa a los científicos puede disuadir a los países de informar futuras variantes. La vigilancia es más eficaz si la información se comparte a nivel mundial, por lo que mantenerse a la vanguardia de los nuevos cambios requiere cooperación internacional.

Muchos países han luchado por mantenerse al día con la vigilancia genética necesaria para determinar qué versión del virus está causando el mayor daño, a menudo por falta de dinero y recursos. Estados Unidos también ha sido criticado por no realizar la secuenciación suficiente del genoma para adelantarse a las variantes, ya que las nuevas cepas echaron raíces a principios de este año. «Es vergonzoso, eso es todo lo que puedo decir» Diane griffin, un microbiólogo e inmunólogo de Johns Hopkins, dijo a Vox en enero.

Desde entonces, Estados Unidos ha intensificado su vigilancia genética para el SARS-CoV-2, reforzada por una afluencia de más de mil millones de dólares a los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades, los departamentos de salud de la ciudad y los gobiernos estatales para identificar variantes específicas del virus en circulación. Los funcionarios también han invertido en la creación de sistemas de informes para los genomas del SARS-CoV-2. Los laboratorios del gobierno de los EE. UU. tasa de secuenciación del genoma. También participaron laboratorios privados e instituciones académicas.

Los laboratorios de EE. UU. Ahora están secuenciando e informando 29 genomas por cada 1000 casos de Covid-19 detectado, sobre 20.000 por semana, que coloca a Estados Unidos entre los 20 primeros países del mundo. «Tenemos muy pocos puntos ciegos en los Estados Unidos debido a esto», dijo Anderson a Vox.

Sin embargo, a Estados Unidos le toma un tiempo promedio de 28 días para secuenciar estos genomas y cargar los resultados en bases de datos internacionales. Esto contrasta con el Reino Unido, que secuencia 112 genomas por cada 1.000 casos, y tarda un promedio de 10 días en enviar sus resultados. Un retraso de unos pocos días en la detección puede dar tiempo a las variantes para que se propaguen silenciosamente dentro de las comunidades y a través de las fronteras.

Las brechas masivas en la secuenciación genética de Covid-19 dejan al mundo vulnerable a las variantes

Hay grandes extensiones del mundo donde la secuenciación del genoma está muy por detrás de Estados Unidos y otros países ricos. «Esto significa que hay un retraso en la detección y notificación de nuevas variantes en regiones del mundo donde los niveles de secuenciación e intercambio de datos son bajos». Alina chan, dijo un biólogo molecular del Broad Institute en un correo electrónico.

COVID CG

Con grandes lagunas en la secuenciación del genoma en América del Sur, África y Asia, otras mutaciones peligrosas en el virus SARS-CoV-2 pueden pasar desapercibidas. Pero la secuenciación del genoma requiere tiempo y recursos que también deben equilibrarse con otras necesidades de salud pública. En caso de una pandemia, los funcionarios de salud deben comparar la vigilancia genética con las pruebas, el tratamiento y la vacunación, y hay poco dinero y poca capacidad de laboratorio para todos.

«No podemos secuenciar a todas las personas que dan positivo», dijo mimma Hodcroft epidemiólogo molecular de la Universidad de Berna. “Vamos a perder cosas que están circulando a niveles muy bajos. «

Hodcroft y Andersen dijeron que un punto de referencia ideal sería secuenciar entre el 5% y el 10% de los genomas en casos positivos de Covid-19 en todo el mundo. Sin embargo, reconocieron que esto sería extremadamente difícil en países con menos recursos. “Incluso llevar una máquina de secuenciación a muchos de estos países es una absoluta pesadilla logística, y no hemos hecho mucho en esta pandemia para tratar de apoyar una supervisión de secuenciación más completa”, dijo Hodcroft.

Entonces, además de compartir vacunas y pruebas para Covid-19 con países en desarrollo, países como los Estados Unidos también deberían ayudar a establecer laboratorios en todo el mundo para hacer más vigilancia e informes genéticos. De lo contrario, otra variante podría sorprender al mundo y deshacer parte del implacable progreso contra el virus.